До середины XVII века Кубачи окружала высокая крепостная стена. В этой стене было четыре входа: два — с восточной стороны, один — с западной, один  — с северной. Стену венчали 7 башен с бойницами. В настоящее время сохранились остатки трех башен: «Кунакла калльа», «Акайкала калльа» — в верхней части села и «Хьяжемурадкалла калльа» — в нижней части села. До 1936 года сохранялись полтора этажа башни «Чяхатла калльа» в северо-западной части села.

В школьном музее имеется фотография, сделанная в начале века. На ней отчетливо видно, что башня «Кунакла калль'а» имела по   крайней мере еще 2 этажа, а «Чяхатла калльа» — 3 этажа. Хорошо. видна на снимке и панорама кубачинского кладбища. В прошлые годы, вплоть до 1925 года, когда в Кубачах умирал кто-то из взрослых, возле его могилы строили шалаш «Халмаж», в этом шалаше в течение 40 дней находились муталимы. Все это время они должны были читать суры из Корана. Эта традиция уходит корнями в XIV век.

Ворота крепостной стены закрывались в полночь и открывались с рассветом. Опоздавших не пропускали, будь это даже сами кубачинцы. В XVII веке Кубачи попало в зависимость от Кайтагского уцмийства. Имея в тот период значительный перевес в силе (более 7 тысяч человек под ружьем, в том числе 500 всадников), оно сумело с помощью оружия подчинить себе близлежащие вольные .общества. Во внутренние дела Кубачей Кайтагский уцмий обещал не вмешиваться, но потребовал снести крепостную стену вокруг села и .ежегодно платить дань в виде 40 мерок пороха, 2 серебряных сабель и 12 курдючных баранов. Вместо 40 мерок пороха, которого у кубачинцев не было, вынуждены были отдавать либо скот, либо серебряное оружие. Кубачинцам ничего не оставалось, как принять его условия и разобрать крепостную стену. Из этого камня они построили несколько мечетей и большое здание для Совета старейшин «Хала кулбе» (Большой дом) в местечке «Ханжила» восточной части села. В начале XIX века здание сильно пострадало от землетрясения, поэтому было решено его разобрать, а камни использовать для строительства женских мечетей «Хунала мишит» и «Кьякьубала мишит».